Die BRAINYOO Desktopsoftware ist eine grafische Benutzeroberfläche, die aus einem einzigen Anzeigebildschirm besteht (SDI). Es gibt keine Dokumentenfenster, lediglich Dialoge. Wichtig bei dieser Form der Bedienung ist das Menü.
Über das Menü können die Hauptfunktionen und alle Masken des Programms aufgerufen werden.